Гра є продовженням Assassin Creed III, де головним героєм є аналітик Абстерго, який вивчає генетичну пам'ять Дезмонда Майлса. В історичному періоді протагоністом є Едвард Кенуей, батько Хейтема Кенуея та дід Коннора з Assassin Creed III; дія нової гри розгортається в Золоту Епоху Піратства, в Карибському морі на декількох островах, у тому числі в Ямайці, Кубі та Багамах.
