Игра является продолжением Assassin’s Creed III, где главным героем является аналитик Абстерго, изучающий генетическую память Дезмонда Майлса. В историческом периоде протагонистом является Эдвард Кенуэй, отец Хэйтема Кенуэя и дед Коннора из Assassin’s Creed III; действие новой игры разворачивается в Золотую Эпоху Пиратства, в Карибском море на нескольких островах, в том числе Ямайке, Кубе и Багамах.
